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　戦国時代の1562年、四日市の豪族・渡辺統綱（むねつな）は本願寺11世顕如の弟子になり、法名を専養と称して、宇佐郡山本村に「専養庵」を開きました。これが四日市別院の起りです。
　1578年には、統綱の子統述（むねのぶ）が、教如上人の九州下向の際に弟子となり、法名「正明」と寺号「真勝寺」を賜りました。戦国の動乱によって真勝寺は消失しましたが、1674年に再建して現在地に移転させました。
　1743年、住職の不行跡が原因で寺は幕府没収となり、翌年東本願寺に下げ渡されて本山掛所御坊となりました。これが「九州御坊」と称し、九州716寺院を統括した「別院」の始まりです。
　幕末の尊王攘夷の嵐は、四日市にも吹き荒れました。宇佐地方の討幕派の志士たちは幕府領の四日市陣屋を襲撃し、役人が東別院に逃げたため本堂や庄屋の屋敷等に火をかけ、御許山に陣をかまえました。これが御許騒動と呼ばれる事件です。この時消失した本堂は、1753年に計画され1825年にようやく完成を見たもので、本山と同じ二層屋根で九州御坊に相応しい建物でした。　現在の本堂は旧本堂消失後の仮本堂として1880年（明治13）に再建されたものです。
　また、山門は二重屋根の重層門で、1865年に本堂に相応しい大門として建立され、御許山騒動の兵火で失われること無く今日まで伝えられています。規模は正面幅16.2ｍ、奥行4m、高さ15.6mと大きく九州最大規模を誇るもので、県の有形文化財に指定されています。また、本堂を含む建造物の多くは国の登録文化財となっています。

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