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浄土真宗本願寺派本願寺四日市別院が正式な名称ですが、西本願寺四日市別院あるいは西別院と呼ばれています。江戸時代の中頃、現在の東別院あたりに東本願寺（京都）末寺の真勝寺というお寺がありました。その住職宗順の不行跡をめぐって争いが起き、本山は宗順に隠居を命じました。これに反発した宗順が末寺11ケ寺と門信徒1300人とともに西本願寺派に転宗しようとしたため大騒動となり、1743年に江戸の寺社奉行大岡越前守忠相の裁きを受けることになりました。その結果は、真勝寺は幕府が没収の上、東本願寺に下げ渡されることになり、東本願寺の別院・御坊となりました。これに対して西派は川部の正名寺を現在地に移し、本山に差し上げて東別院を造営することになりました。そして、両派が競って宗教活動を行った結果、細い道路を挟んで東西別院が並び建つ、全国的にも稀な門前町が造られました。
その後、両別院は九州御坊と呼ばれて発展し、七堂伽藍も整備されました。西別院の現本堂は、幕末の1859年に建てられており、間口（南北）29.5ｍ、奥行（東西）31.5ｍは、九州最大規模、全国でも屈指の木造建築です。

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